Дистанционное школьное образование сопряжено с рядом трудностей:
- информация, предоставляемая ученику, требует от него самостоятельного осмысления;
- большая для учителя трудозатратность, чем при традиционной форме обучения;
- ограниченные возможности для педагогической импровизации, так как алгоритм представления информации продумывается заранее;
- жесткий временной режим: дети должны получать задания и быстро отправлять их выполненными, чтобы успевать укладываться в рамки урока;
- низкая мотивация учащихся, как следствие: занимаясь через Skype, дети часто отвлекаются, теряют нить хода урока и сбивают темп занятия, что плохо сказывается на их успеваемости и знаниях, поскольку учебных часов у них значительно меньше, чем при традиционном обучении.

Это серьезные проблемы, решение которых может значительно повысить эффективность дистанционного обучения. Кроме того, исследования выявили, что неодинаковый начальный уровень учеников, разные формы организации и индивидуальные маршруты занятий приводят к тому, что на выходе результаты у «удаленщиков» часто ниже, чем у детей, обучающихся традиционно.

Большие сложности при дистанционной учебе испытывают младшие школьники: они еще не обладают достаточной мотивацией и волевыми характеристиками, чтобы продуктивно работать без постоянного контроля со стороны взрослых.